作業程序說明
一、 依據會計憑證、各所得人之領據或其他合法通知，核算應扣繳各種稅款、捐款、借支款項、保險費及其他款項等稅費款。
二、 各項稅費款之扣繳，屬應課稅所得者，除登錄薪資系統外，應依下列規定辦理：
（一）薪資所得係依據各所得人薪資對照「薪資所得扣繳稅額表」之課稅級距，予以扣繳。
（二）薪資所得以外之應稅所得，則按「各類所得扣繳率標準」 所明訂之扣繳率，予以扣繳。
（三）其他薪津代扣費款，於造冊時應予以扣除。
三、 薪資清冊經編送相關單位核章後，由會計單位依規定程序開立付款憑單。
四、 會計單位於「政府歲計會計資訊管理系統」開立付款憑單，並經「電子支付系統」逐級陳核後，出納管理人員配合付款（放行）作業。
五、 付款憑單放行後，出納人員應辦理事項如下：
（一）印製附條碼之薪資所得扣繳稅額或各類所得扣繳稅額繳款書，連同國庫支票於繳納期限內，向代收稅款金融機構繳納稅款。
（二）已納入財政部國庫署代辦繳庫之機關部分：由財政部國庫署代繳薪資所得扣繳稅額，俟其辦妥支付後，由支用機關自行至該署網站查詢繳納情形，並列印已繳付之薪資所得扣繳稅額繳款書存參。
（三）其他薪津代扣費款之繳納部分，應將繳款通知單連同國庫支票依限送金融機構繳納。
(四)於規定期限內辦理繳付各項代扣稅費款，並送經辦單位審核無誤後，由經辦單位附上繳款證明，送會計單位辦理核銷。

控制重點
一、 確實依照「各類所得扣繳率標準」暨「薪資所得扣繳稅額表」辦理應扣繳之所得稅。
二、 代扣之薪資所得稅，屬中華民國境內居住之國人所得，應於每月10日前，將上一月內所扣繳稅額；屬非中華民國境內居住之個人所得，應於代扣稅款之日起10日內，分別印製附條碼薪資所得扣繳稅額繳款書，向代收稅款金融機構繳納。
三、 其餘代扣稅費款，應依各該扣繳規定期限，辦理代繳，不得延誤。
四、 於規定期限內辦理繳付各項代扣稅費款，並送經辦單位審核無誤後，由經辦單位附上繳款證明，送會計單位辦理核銷。
五、 應於每年1月31日前彙整年度所得並向國稅局完成扣繳申報；列印各類所得扣繳暨免扣繳憑單，於2月10日前寄發各所得人。
六、 屬非中華民國境內居住之個人所得，應於代扣稅款之日起10日內開具扣繳憑單，向該管稽徵機關申報核驗後，發給納稅義務人。
法令依據
一、 出納管理手冊第10、22、23點
二、 所得稅法
三、 薪資所得扣繳稅額表
四、 各類所得扣繳率標準
使用表單
一、薪資所得扣繳稅額繳款書
二、各類所得扣繳稅額繳款書
三、其他如全民健康保險費、公保及公務人員退撫基金繳納通知單等
四、各類所得扣繳暨免扣繳憑單